Przy prowadzeniu kontroli podatkowej podatnik ma prawo do złożenia dodatkowych wyjaśnień, natomiast przy prowadzeniu czynności kontrolnych podatnik takie prawo traci
W ramach prowadzonego postępowania pracownicy urzędu kontroli skarbowej mogą twierdzić, że nie została przeprowadzona kontrola podatkowa, a jedynie czynności kontrolne. Jakie ma to znaczenie dla podatnika? Stwierdzenie takie ma istotne skutki praktyczne, ponieważ zgodnie z przepisami podatkowymi kontrola skarbowa musi zakończyć się protokołem kontroli, do którego podatnik może złożyć zastrzeżenia. Z kolei UKS ma obowiązek odniesienia się do ewentualnych zastrzeżeń i wyjaśnień podatnika do przedłożonego protokołu. Stwierdzając, że przeprowadzone zostały czynności kontrolne a nie kontrola podatkowa, UKS niejako zwalnia się z takiego obowiązku.
Zgodnie z art. 291 par. 2 Ordynacji podatkowej zastrzeżenia można złożyć jedynie co do protokołu z kontroli. Natomiast protokół sporządzony na podstawie art. 172 Ordynacji podatkowej albo protokół z badania ksiąg podatkowych zostają z reguły dostarczone podatnikowi łącznie z pouczeniem o możliwości złożenia korekty.
W tym przypadku podatnik traci możliwość złożenia dodatkowych wyjaśnień, a od daty otrzymania protokołu zaczyna się ustawowy termin na złożenie korekty rozliczeń podatkowych.